Fernández, que también había anotado un tanto en el 4-1 de la ida, abrió la cuenta a los 23 minutos del primer tiempo.
Henrique Araujo y Diogo Goncalves completaron el marcador para el equipo portugués, en el que también fue titular el defensor Nicolás Otamendi. Descontó para el local Pione Sisto.
En los playoffs (última ronda previa antes del ingreso a la fase de grupos de la Champions), Benfica se medirá con el vencedor de la llave entre Dinamo Kiev (Ucrania) y Sturm Graz (Austria).
También pasaron a los playoffs Bodo Glimt de Noruega (5-0 y 1-1 a Zalgiris, de Lituania); Maccabi Haifa de Israel (4-0 y 0-2 con Apollon de Chipre); Viktoria Plsen de República Checa (doble 2-1 sobre Sheriff de Moldavia).
Red Star Belgrade de Serbia (5-0 y 2-0 a Pyunik de Armenia); Qarabag de Azerbaiyán (1-1 y 3-1 a Ferencvaros de Hungría); y Dinamo Zagreb de Croacia (2-1 y 4-2 a Ludogorets de Bulgaria).