El inicio de la creación del Área Natural Protegida Punta Marqués fue en febrero de 1984 cuando a través de una ordenanza se manifiesta el objetivo de proteger la colonia de lobos marinos de un pelo que había sufrido el embate de la explotación comercial. Desde entonces es gestionada por el municipio local. Un año después, el 4 de octubre de 1985, se creó como área natural protegida por ley provincial, y el 1 de febrero de 1986, el área abrió al público.
Dependiente de la Secretaría de Deporte y Turismo y Desarrollo Económico Local, el Área Natural Protegida creció durante estas décadas en cantidad de personal, infraestructura, tecnología y también en extensión. Desde el 14 de diciembre de 2022 Punta Marqués amplió de un radio de 500 metros desde el asentamiento de lobos marinos, a casi 1200 hectáreas que incluyen área terrestre y marina, lo que representa un gran avance para la conservación del ambiente y las especies que lo habitan. Actualmente se está trabajando en conjunto con Áreas Protegidas de provincia, los propietarios de las tierras y otros actores, en el desarrollo del Plan de Manejo.
La adquisición de un dron permite hoy a los guardafaunas registrar nuevas especies que habitan o llegan al área protegida en diferentes épocas del año como la ballena franca austral, la ballena jorobada, ballena Sei, delfín oscuro, tonina overa, entre otros. Estos registros son sistematizados como información para posteriores investigaciones. El área protegida actualmente funciona también como un centro de investigación que trabaja en conjunto con investigadores de la Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco (UNPSJB).
El avistaje cada vez más frecuente de ballenas en Punta Marqués fue el punta pie en 2018 de un proyecto de investigación que ya generó información muy valiosa para el área y abre nuevas oportunidades de cara al futuro. La ballena Sei es la más frecuente en la zona, aunque también se ven ballenas jorobadas, Fin, Minke y Franca. Alrededor de 15 personas, entre investigadores, estudiantes y personal del Área Natural están abocados a conocer qué especies son las más habituales, cuántos ejemplares hay y qué actividades realizan cuando están en la zona.
Los resultados de la protección son notables, la colonia de lobos de un pelo ubicada en la base del cerro crece sostenidamente desde las primeras investigaciones realizadas en 1990 que registraron alrededor de 400 ejemplares. Mientras que el censo realizado en 2022 contabilizó más de 5000 individuos entre los meses de abril a mayo. El cambio más importante identificado en la colonia es el registro de nacimientos a partir de 2014 con un progresivo aumento año tras año.
Punta Marqués es también el mejor escenario natural de Rada Tilly para caminatas guiadas, paseos y charlas para descubrir y conocer más sobre su biodiversidad. Tanto la Dirección de Medio Ambiente como la Secretaría de Deporte y Turismo y Desarrollo Local organizan durante el año actividades en el área para promover el cuidado del medio ambiente, conocer la flora, las aves, participar en las actividades de los guardafaunas y salidas de trekking.