El capitán del Inter, Lautaro Martínez, adelantó al visitante a los 38 minutos con una preciosa definición tras ser habilitado de taco por Marcus Thuram, después de que el Bayern hubiera estado cerca de abrir el marcador con un remate de Harry Kane que dio en un poste.
El ingresado Thomas Müller, que dejará el Bayern al final de la temporada después de 25 años ya que el club no le ofreció un nuevo contrato, igualó a los 85 minutos.
Con los hinchas del Bayern aún celebrando el empate, el visitante encontró espacios por la izquierda y Carlos Augusto recortó para que Frattesi marcara el gol de la victoria.
Inter recibirá al conjunto alemán en el partido de vuelta el 16 de abril.